El CRILAR alberga ocho colecciones, siete de las cuales corresponden en su totalidad a registros biológicos. En la actualidad se cuenta con más de 14.000 especímenes. Todas se encuentran en crecimiento constante dado que su conformación está directamente relacionada con el desarrollo de las diversas líneas de investigación del Centro, y también se nutren del trabajo de equipos de otras pertenencias institucionales que llevan a cabo sus proyectos en la provincia de La Rioja.

A diferencia de otros centros de estudios de Argentina, con acervos cuya antigüedad se remonta al siglo XIX, las colecciones del CRILAR son “jóvenes”: los primeros ingresos datan de fines de la pasada  década del ´90, en correspondencia a la conformación del grupo de estudio Triatominos Vectores de la enfermedad de Chagas.

Las colecciones se encuentran determinadas por temática: dos colecciones entomológicas (Artrópodos y Triatominos), dos paleontológicas (Paleobotánica y Paleontología de Vertebrados), Mastozoología, Arqueología, Banco Argentino de Hongos Glomeromycota y una Histoteca Vegetal. Es decir, los criterios de cobertura pueden corresponder a razones taxonómicas y/o cronológicas, así como procedimentales o disciplinares. Las Curadurías se encuentran a cargo de investigadores o técnicos profesionales de CONICET,  especialistas en cada tema. Algunas colecciones tienen curadores asociados y otros técnicos curadores. En su amplia mayoría los especímenes proceden de la provincia de La Rioja.

Se conservan materiales fosilizados, en fluidos, en seco, en portaobjetos o incluso en plantas hospedantes. Cada espécimen representa un fragmento del gran mosaico que es la diversidad biológica; su relevancia no se termina en los límites físicos del objeto material, sino que se nutre de la información que viene asociada a cada ejemplar: datos de procedencia, nombre científico, año de ingreso, nombre de los colectores, entre otros. Tales referencias se hallan volcadas en libros de ingreso e inventarios en distintos formatos. Este corpus documental en su conjunto, más allá del aporte particular que implique para cada disciplina, constituye a la vez un registro de los intereses que priman según la época, de los modos de plasmar los datos de campo, de las trayectorias y devenires de la ciencia, en definitiva, un muestrario de su tiempo.

Los especímenes son objeto de estudio científico -ya sea de investigadores del propio CRILAR como de otras pertenencias institucionales-, de custodia y de exhibición. También resultan uno de los ejes de las actividades de difusión que se desarrollan en el Centro con participación de público escolar, mayoritariamente de establecimientos del departamento de Castro Barros, y de la localidad de Anillaco en particular. En este sentido, las colecciones cumplen un rol social que excede el acto de cada colecta.

Por otra parte, el CRILAR es una de las sedes del Repositorio provincial requerido por la Ley Nacional N° 25.743/2003 de Protección del Patrimonio Arqueológico y Paleontológico. En virtud de ello, las colecciones de Arqueología, Paleobotánica y Paleontología de Vertebrados son el ámbito para el depósito y custodia de materiales colectados, mediante los permisos correspondientes, en sitios y yacimientos en el territorio de la provincia de La Rioja (ver Ley Nacional de Protección del Patrimonio Arqueológico y Paleontológico).

Asimismo, la Colección de Mastozoología se encuentra aprobada oficialmente por la Secretaría de Ambiente de la provincia de La Rioja (ver Resolución S.A. 005/2017) como Repositorio de referencia en lo que respecta a los mamíferos de la provincia.